Det internasjonale Encode-prosjektet, en samarbeidsundersøkelse som samlet hundre forskere fra hele verden, inkludert forskere som jobber ved det spanske nasjonale kreftforskningssenteret (CNIO), publiserte i går resultater som kartla kontrollen og reguleringen av genomaktiviteten. Disse resultatene indikerer totalt fire millioner 'svitsjer' som kontrollerer genaktiviteten til 147 typer humane celler og vev. Dette kartet gir oss den første omfattende visjonen av genomet som et komplekst nett av interaksjoner, og går langt utover vår innledende tenkning, som tildelte det en lineær struktur.

CNIO deltar i Encode gjennom Gencode-prosjektet. Gencode (www.gencodegenes.org), koordinert av Tim Hubbard fra Wellcome Trust Sanger Institute i Storbritannia, består av syv grupper, med tre europeiske representanter inkludert Roderic Guigos gruppe ved CRG (Barcelona) og CNIO gruppe ledet av Alfonso Valencia. CRG- og CNIO-gruppene involverer seg i prosjektet er delvis finansiert av det spanske instituttet for bioinformatikk (www.inab.org) som tilhører Instituto de Salud Carlos III.

Genkodes oppdrag er å lage et referansegenesett som plotter massen av informasjon som kommer ut av Encode. Vi kan si at Gencode leverer systemet med referanser, merknader og koordinater som trengs for å lage det ferdige kartet. Disse referansene inkluderer plasseringen, aktivitetsnivået og typen genomgenererte produkter, med hensyn til både proteinkodende gener i deres forskjellige uttrykksformer (transkripsjoner) og alternativt uttrykte varianter, og andre regioner som koder for forskjellige typer RNA i stedet for proteiner og pseudogener.

CNIO-gruppen, bestående av Michael L. Tress, José Manuel Rodríguez, Iakes Ezkurdia samt Alfonso Valencia, leder for CNIOs strukturstrukturbiologi og biodataprogram, har til oppgave å utvikle og anvende merknadsmetodikken for alternative spleiseformer. Resultatene av denne innsatsen er diskutert i et av artiklene publisert i Nature og i beslektede publikasjoner i tidsskriftene Genome Research and Molecular Biology and Evolution . Disse funnene har hjulpet med å endre måten vi forstår prosessen med å oversette genetisk informasjon til de funksjonelle enhetene dannet av proteiner.

For CNIO-gruppen har del av Encode betydd muligheten til å teste og avgrense nye metoder for å avdekke det komplekse problemet med regulering av genuttrykk, samt en fantastisk anledning til å få tilgang til informasjon som vi kan si har vist seg uunnværlig (og tilstrekkelig ) for å avrunde analyse av genomiske data produsert i CNIO.

NOE NØKKELFAKTA PÅ ENCODE-PROSJEKTET

Encode er et konsortium finansiert av NIH og ledet av National Human Genome Research Institute (NHGRI) i USA og EMBL European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) i Storbritannia. Encode har mobilisert innsatsen til 442 forskere som arbeider ut av 32 laboratorier i Storbritannia, USA, Singapore, Japan, Sveits og Spania.

Dette ambisiøse internasjonale vitenskapelige partnerskapet følger av et pilotprosjekt som analyserte en første 1% av det menneskelige genomet og la de tekniske grunnlagene for det som senere skulle komme. Resultatene fra Encode-piloten, oppsummert på et frontdeksel i Nature i 2007, var enormt effektive og har allerede samlet mange tusen sitater.

Full informasjon om Encode-funnene vises denne uken i tretti artikler, seks i Nature og ytterligere 24 i tidsskrifter som Genome Research, og vil samtidig bli gjort tilgjengelig gjennom en rekke servere og offentlige informasjonssystemer.

Disse resultatene er allerede berøringsstein for enhver eksisterende eller fremtidig genomstudie, inkludert personaliserte kreftgenomiske initiativer. Nyere bevis har faktisk funnet en nær sammenheng mellom endringer i bryterne som regulerer genomaktiviteten og utseendet til kreftformer, noe som understreker studiens betydning fra et biomedisinsk perspektiv.

Et godt eksempel på denne forbindelsen er mutasjonene som er observert i gener som er involvert i behandlingen av genomisk informasjon hos pasienter med kronisk lymfocytisk leukemi, som nylig ble oppdaget av det spanske konsortiet som er en del av International Cancer Genome Project (CLL-ICGC, Nature Genetics, 2011 ).

Levert av Centro Nacional de Investigaciones Oncologicas (CNIO)